Storebæltsbroens samlede anlægsomkostninger var cirka 21,4 milliarder danske kroner i 1988-priser. Ved ibrugtagningen i 1998 svarer dette til cirka 26,44 milliarder kroner i løbende priser, hvilket svarer til ca. 41,5 milliarder kroner i 2022-priser. Omkostningerne var fordelt omtrent ligeligt mellem vej- og jernbaneforbindelsen. Tilbagebetaling af anlægsudgifterne sker udelukkende af brugerne, såsom bilisterne og Banedanmark. Tilbagebetalingstiden er estimeret til at være omkring 36 år, altså til cirka år 2035.