Una flottiglia è una formazione militare navale composta da un gruppo di piccole navi da guerra della stessa classe, come cacciatorpediniere, fregate, torpediniere, sommergibili, ecc. È generalmente la più piccola unità navale militare comprendente diverse navi, comandata da ufficiali di grado come retroammiraglio o commodoro. La flottiglia può essere divisa in più divisioni ed è spesso una formazione permanente all'interno di una flotta più grande. Il termine può anche riferirsi a un piccolo gruppo di aeromobili navali o a un gruppo non militare di imbarcazioni che navigano insieme per uno scopo comune, come una regata o una missione umanitaria.
In ambito non militare, una flottiglia può essere un piccolo gruppo di imbarcazioni simili coordinate per un obiettivo specifico, come la Global Sumud Flotilla, una iniziativa umanitaria internazionale composta da più di 50 barche provenienti da 44 paesi, che cerca di rompere il blocco navale su Gaza per portare aiuti umanitari.