Karlos Arguiñano tiene siete hijos. Seis de ellos son biológicos: Eneko, Zigor, Karlos, Martín, Joseba y Amaia Arguiñano, y tiene una hija adoptada llamada María Torres. En total, forman una familia numerosa que está muy unida y varios de los hijos siguen los pasos de su padre en el mundo de la hostelería y la cocina.