Le manchot empereur vit exclusivement en Antarctique, autour du pôle Sud, principalement entre les latitudes 66° et 77° Sud. Il forme des colonies de plusieurs dizaines de milliers d'individus sur la banquise, souvent dans des zones plates et protégées du vent, à proximité des côtes ou sur des îles adjacentes à l'Antarctique. C'est la seule espèce animale à passer toute l'année en Antarctique et à se reproduire en plein hiver austral, dans des conditions climatiques extrêmement rudes. On compte environ 44 à 46 colonies de manchots empereurs, notamment dans des régions comme la mer de Ross, le cap Washington, l'île Coulman, la baie de Halley, et la Terre de la Reine-Maud. Leur survie est menacée par le réchauffement climatique et la fonte de la banquise, qui constitue leur habitat essentiel.
