Sonia Bruganelli ha tre figli, tutti avuti dal matrimonio con Paolo Bonolis. I loro nomi sono Silvia, Davide e Adele. Silvia, la primogenita, è nata nel 2002 ma ha dovuto affrontare fin da subito una grave cardiopatia che ha richiesto un intervento chirurgico immediato, con conseguenze motorie. Davide è nato nel 2004 ed è noto anche per aver superato seri problemi alimentari. Adele, la più giovane, è nata nel 2007. Nonostante la separazione nel 2023, Sonia e Paolo sono rimasti uniti nell'amore e nel rispetto per i figli, mantenendo una solida alleanza genitoriale. I tre figli sono ormai adolescenti e giovani adulti che stanno seguendo i propri percorsi di vita tra studi e lavori.
