Der Fluss, der durch Münster fließt, heißt Münstersche Aa. Er ist ein linker Nebenfluss der Ems, etwa 43 Kilometer lang und fließt durch das Stadtgebiet von Münster, unter anderem durch den Aasee in der Stadtmitte. Die Münstersche Aa entspringt etwa 16 Kilometer westlich von Münster und mündet wenige Kilometer nördlich der Stadt bei Greven in die Ems. Neben der Aa gibt es in Münster auch weitere Gewässer wie die Ems und die Werse, aber die Münstersche Aa ist der Hauptfluss, der direkt durch Münster fließt.