الإمام جعفر الصادق مات مسموماً، حيث اتفق مؤلفو الشيعة وأهل السنة على أنه اغتيل بالسم بإيعاز الخليفة العباسي المنصور، وقد دس السم في طعامه، قيل إن السم كان في عنب، مما تسبب في معاناته الحادة حتى توفي في الخامس والعشرين من شهر شوال سنة 148 هـ. الإمام الصادق ظل يعاني من الألم بسبب السم عدة أيام قبل وفاته، وكان يعرض في لحظاته الأخيرة وصاياه لأهل بيته ويحثهم على المحافظة على الصلاة والالتزام بأوامر الله. دفن في مقبرة البقيع بالمدينة المنورة بجوار آبائه وأجداده.
