دفنت السيدة زينب في الشام بسبب وجود روايتين رئيسيتين: الأولى تقول إنها انتقلت إلى الشام مع زوجها عبد الله بن جعفر بسبب قحط ومجاعة أصابت المدينة المنورة، حيث كان لهم مزرعة هناك، فمكثت في الشام حتى توفيت ودُفنت هناك. أما الرواية الثانية، فهي تقول إن يزيد بن معاوية حوّلها إلى الشام خوفًا من تأثيرها في المدينة بعد واقعة كربلاء، فكانت دفنت هناك في حكم الطاغية يزيد. كما يُذكر أن قبرها في الشام يعتبر مكان أمانًا لأهل الأرض بحسب قول الإمام الصادق. هناك خلاف بين المؤرخين حول مكان دفنها، حيث يرى فريق أنها دفنت في المدينة المنورة، وآخرون يعتقدون أن قبرها في الشام هو الصحيح، ويعتبر مقامها في دمشق من المزارات الدينية المهمة. بالإضافة إلى وجود قبر يُنسب لها في مصر لكنه يُحتمل أن يكون لامرأة أخرى تحمل نفس الاسم.
