في صلاة الشفع والوتر، يُستحب قراءة ما يلي:
- في ركعتي الشفع (الركعتين الأوليين):
- في الركعة الأولى بعد الفاتحة: سورة الأعلى.
- في الركعة الثانية بعد الفاتحة: سورة الكافرون.
- في ركعة الوتر الواحدة:
- بعد الفاتحة يقرأ سورة الإخلاص (قل هو الله أحد).
- بعض الروايات تضيف قراءة المعوذتين (قل أعوذ برب الفلق وقل أعوذ برب الناس) مع سورة الإخلاص.
- ومن السنة أيضًا قراءة سورة الأعلى في الركعة الأولى من الوتر حسب بعض الأحاديث.
وهناك روايات متعددة في القراءة ولكن الأكثر ثبوته عن النبي محمد صلى الله عليه وسلم هو ما ذكر من قراءة الأعلى في أولى ركعات الشفع، والكافرون في الثانية، والإخلاص في ركعة الوتر، ويمكن قراءة المعوذتين بعد الإخلاص في الوتر. كما ورد في الدعاء المأثور عن الشفع والوتر: "اللهم اهدنا فيمن هديت، وعافنا فيمن عافيت..." هذه هي القراءة المتعارف عليها والمستحبة في نافلتي صلاة الشفع والوتر مع مرونة في الاختلافات بين أهلة العلم رضي الله عنهم.