المكافأة الجامعية تتوقف في الحالات التالية:
- عند انخفاض المعدل التراكمي للطالب عن 2 من 5.
- عند الاعتذار أو التأجيل أو الانسحاب من الفصل الدراسي.
- عند تجاوز المدة النظامية المحددة للبرنامج الدراسي حسب الخطة المعتمدة من الجامعة.
- في حالة حصول الطالب على إنذار أكاديمي.
- إذا حصل الطالب على فصل تأديبي.
- إذا كان الطالب زائرًا في جامعة أخرى ولم يتم معادلة المواد.
المدة النظامية لاستمرار صرف المكافأة تكون مساوية لمدة البرنامج الدراسي المقررة للتخرج حسب خطة الكلية، ولا تحتسب فصول التأجيل والانقطاع ضمن هذه المدة، بينما تحتسب فصول الاعتذار والتحويل ضمن المدة النظامية. على سبيل المثال، إذا كانت مدة البرنامج أربع سنوات، يتم صرف المكافأة طوال هذه المدة النظامية ما لم يتحقق أحد أسباب التوقف المذكورة. كما لا تُصرف المكافأة في حالات تأخر الطالب عن استلامها لأكثر من ثلاثة أشهر، أو في حال كان الطالب غير منتظم أو غير سعودي أو لا يحمل الجنسية السعودية في حالات معينة. يتم خصم مبلغ معين (مثل 10 ريال) شهريًا من المكافأة لصالح صندوق الطلاب في بعض الجامعات. مصادر عدة من جامعات سعودية مثل جامعة الملك سعود، جامعة الإمام عبد الرحمن بن فيصل، وجامعة الأميرة نورة تؤكد هذه الشروط وأسباب التوقف للمكافأة الجامعية.