وقت صلاة الاستسقاء ليس له وقت محدد ثابت على حد قول الجمهور، بل تصلى في أي وقت يخف فيه النهي عن الصلاة، سوى الأوقات المكروهة التي يكره فيها أداءها عند بعض أهل العلم. الأكثرون يفضلون إقامتها بعد ارتفاع الشمس تقريباً، كما ورد في سنة النبي محمد صلى الله عليه وسلم عندما أجدبت المدينة، حيث خرج بالناس وصلى بهم ركعتين ثم خطب فيهم. بشكل عام تكون صلاة الاستسقاء ركعتين بلا أذان، ثم خطبة إمام المسلمـين بعد الصلاة مع سؤال الله سبحانه نزول المطر. يمكن أداءها في المسجد أو في المصلى خارج المسجد كما يفضل في العراء. الخبرات الفقهية المختلفة تذكر أن الأوقات المكروهة تشمل بعض فترات النهار والضحى، لذا يُستحب تفاديها وضبط وقت الصلاة بما يسمح للجميع الحضور.
